Первое и единственное упоминание о церкви в Псковских летописях под 1547 г. "Лета 7055...да того же поставлена церковь каменная святыи Иоан Богослов на Милявицы". До начала XVIII века, что следует из отчетов благочинных Псковской епархии, церковь была монастырской - Костельникова мужского монастыря; в дальнейшем кладбищенская приписная ко градским церквам - Георгия со Взвоза, затем Николая со Усохи. Из монастырских построек ничего не сохранилось, если не считать небольшого фундамента размерами 2.5 х 2.5 м на северо-востоке от церкви, который мог быть основанием древней звонницы. Подтверждение тому - изображение на иконе Сретения из часовни Владычного креста и на изображении Пскова И.Годовиковым. Как следует из клировых ведомостей 1827 года: "Оная церковь...Иоана Богослова с приделом Иоана воина каменная, твердая, кроме кровли на большой церкви..." Под 1841 годом читаем "зданием каменная, с таковою же колокольнею, крепка"... А в 1846 году по указу Синода заводится дело об исправлении ветхой Иоанно Богословский на Мишариной Горе церкви. Дело ведется на протяжении 10 лет (1846-1856 гг.) и связано с бьольшими перестройками на памятнике. Под 1861 г.впервые упоминается о каменной ограде: "Около церкви и кладбища каменная из плиты ограда, покрыта тесом, на четырех углах оной по каменному столбу, сделанных в виде небольших башен"... Из сведений 1882 г. следует: псковским купцом Петром Михайловым Стехновским перед входом в церковь сделана каменная крытая железом пристройка, вроде довольно поместитетльного притвора. В пристройке две двери - с южной и северной сторон..." В 1892 г. был окрашен и позлащен иконостас и возобновлены иконы в придельной церкви." В 1893 г. - перекрашена внутри главная церквоь, окрашена масляною зеленою краскою церковная крыша и вся церковь выбелена снаружи". В 1895 -1896 гг. сделаны новые рамы в окнах главной церкви. Переделаны входные двери и увеличено помещение храма "через вынутые из арки перегородки". В 1897 г. главная церковь вновь окрашена. Внутри стены... украшены рисунками, а панели разделены под мрамор, полы окрашены масляною краскою". В 1900 г. в обеих церквях переложены печи, промыты иконостасы, покрашены полы, отбелены стены." Исследование памятника в антуре, сопоставление кладок и растворов, привязка их к датированным фрагментам - все это позволило довольно четко проследить хронологию создания и изменения памятника. Первоначальный объем храма - четырехстолпный трехапсидный четверик на высоком подклете, слоежнный с ним "вперевязь" малый четверик - южная придельная церковь во имя Иоана Воина также на высоком подцерковье, каменный сход в подклет с небольшим притвором -приделом над ним, 2 деревянных крыльца - всхода в четверик с западной и северной сторон и отдельно стоящая звонница на северо-востоке от церкви. Следы древнего деревянного крыльца найдены в натуре на северном фасаде четверика. Следы западного скрыты позднейшими наслоениями. Первоначальный объем церкви - первый строительный период относится к 1547 году. 2-й строитеьный период на памятнике связан с пристройкой в начале XVII в. каменного крыльца с папертью перед западным фасадом четверика. В застроенном виде крыльцо дошло до нашего времени. В результате зондирования штукатурки и кладки было устанровлено, что всход - марш состоял из 12 ступеней, следы из шести из них четко читаются в натуре. Крыльцо содержало в себе два рундука: нижний с входом с западной стороны, ограниченный с севера и юга двумя арками на столбах и верхний, также ограниченный с севера и юга арками на полустолбах с входом на паперть. Под верхним рундуком - помещение, перекрытое ползучим сводом с входом в него с южной стороны крыльца. Тогда же во второй строительный период, т.е. в начале XVII в. была встроена в промежуток между малым четвериком - приделом Иоана Воина и спуском и подклет четверика с южной стороны церкви - палатка, закрывшая собою щелевидный оконный проем, освещавший нижнюю площадку первоначального схода в подклет. Вход в палатку нач. XVII в. мог быть устроен с восточной стороны от придела Иоана Воина. 3-й строительный период на памятнике относится к концу XVII - нач. XVIII вв. - времени строительства над средней частью западного каменного крыльца каменной же 6-ти пролетной скругленной в плане колокольни на кубическом оосновании - надстройке над крыльцом. След надстройки хорошо читается в натуре и по разности растворов и по характеру кладок. Устройство всхода на колокольню в ее северной стене несколько видоизменило ширину крыльца под колокольней, внеся иссиметрию в инттерьер крыльца - паперти. В результате IV строительного периода в середине XVIII в. паперть нач. XVII в. была обстроена с севера и юга палатками, перекрыта коробовыми сводами. Таким образом, перед четвериком появился трехчастный притвор. Верхняя надстройка южного схода в подклет тогда же была разобрана в плане до малой придельной церкви Иоанна Воина и вместо нее на подклете же был возведен новый придел за одну связь со вновь устроенным притвором церкви. Алтарем нового придела стал служить первоначальный придел Иоанна Воина. В нем была разобрана лишь западная стена, на месте которой был устроен иконостас (гнезда от тябл сохранились). 5 строительный период на памятнике относится к середине XIX века. В это время памятник преттерпел значительные изменения. "Был разобран за малой вместимостью первоначальный придел Иоанна Воина, который с середины XVIII в. служил алтарем нового придела. Разобран он был до отметки солеи нового приедла, поэтому в результате раскопок, проведенных в интерьере нового придела, первоначальный плане сооружений с южной стороны четверика хорошо прослеживался. Новый алтарь воздвигнут по ширине нового придела при глубине до алтарной стены первоначальной придельной церкви, т.е. поставлен на ее основание, что было открыто в интерьере при хзондировании новой кладки под вновь устроенными оконными проемами нового алтаря. Границы новой и первоначальной кладок хорошо прослеживаются и в экстерьере - на вотсочном фасаде церкви. Южная часть стен нового алтаря покоится на своде устроенной в это же время палатки, которая выступает из пределов плана церкви и находится на промежуточной отметке между уровнями подклета и интерьера храма. В месте опоры стены нового алтаря на свод палатки - устроена разгрузочная арка. Западная стена палатки закрыла собою восточный вход в палатку XVII в. таким образом она стала замурованной камерой с единственным щелевидным оконцем из интерьера нижней площадки схода в подклет четверика. Тогда же в XIX в., с севрной стороны притвора была пристроена еще одна палатка, сохранившаяся лишь в фундаментах. Большие работы наиболее исказившие облик памятника были произведены в интерьерах храма. Здесь были разобраны столбы, своды и барабан с главкой. Утрачены и шипцы древнего покрытия четверика. В результате тщательных исследований удалось найти столбы в плане - западный круглые, а восточные плоские в месте примыкания иконостаса и скругелнные с востока. зондирование штукатурного слоя в каждом из углов четверика в местах предполагаемых пят нижних подпружных сводов, а точнее под ними, позволило обнаружить все пяты перекидных арок-сводов со столбов на стены. Они четко прослеживались под толстым слоем изветскового намета до 10 см толщиной. Соединения столбов со стенами в уровне хоров не оказалось. Таким образом столбы западные и восточные оставались скругленными до пят нижних подпружных сводов, где столбы перекрывались широкими плитами и выше переходили в квадратные устои, работая вместе со стенами под вышеллежащей нагрузкой подпружных сводов, барабана и главы. Древняя кладка люнетов, образованных сводами планового креста четверика - отлично сохранилась на значительную высоту почти до вершин арок с тремя рядами голосников каждая. К 6 строительному периоду конца XIX в. относится строительство к западному торцу крыльца нач. XVII в. кирпичного длинного "притвора" с двумя входами с южной и северной сторон, сооруженного по ширине крыльца. Со строительством этого притвора было значительно нарушено единство кладки крыльца XVII в.: каменные ступени крыльца, его верхняя площадка, свод над палаткой под крыльцом были разобраны, что лишало конструкции крыльца поперечных связей между стенами с северной и южной. загруженных тяжелой колокльней. Одна из поперечных металлических связей была выпилена. Все это не замедлило сказаться на состоянии древнего крыльца. Стены под колокольней стало распирать; тогда же в конце XIX в. с севера и юга они были подперты контрфорссам. Арки крыльца верхние и нижние были заложены. Однако, несмотря на принятие этих мер, угроза распора осталась и на сегодняшний день. Исследование памятника проводилось в 1970 г. автор исследований, обмеров и эскизного проекта реставрации архитектора ПСНРПМ В,А,Лебедева. Отмывка - В.Никитина и Т.Саковой. Все материалы хранятся в архиве ПИ "Спецпроектреставрация". В 1984-1985 гг. АРМ-4 выполнил рабочий проект архитектурно-строительной части памятника (архитекторы Н.А.Петрова, А.М.Лебедев при участии и под руководством В.А.Лебедевой). В 1987 г. выведены из аварийного состояния колокольня и крыльцо XVII в. Сооружены временные, а местами постоянные кровли над памятником.

Церковь Иоанна Богослова бывшего Костельникова монастыря расположена на Запсковье на старом Иоанно-Богословском кладбище на Мишариной Горе, у подножья которой протекает речка Милявица, впадающая в р.Пскову неподалеку у Гремячей Горы. В настоящее время композицию памятника составляет четверик на подклете, обстроенный с южной стороны приделом и палаткой под ним, с западной - притвором и колокольней над крыльцом ХVII в. С северной стороны первоначальное деревянное крыльцо не сохранилось. От палатки середины XIX века сохранились лишь фундаменты. Подклет храма значительно заглублен по отношению к уровню окружающей поверхности кладбища. В настоящее время это заглубление до 3,5 м. Подклет основного объема храма - четверика - четырехстолпный, трехапсидный. 4 столпа по нефам перекрыты полуцилиндрическими сводами, перекинутыми со столпа на столп в средней части интерьера и со столпов на примыкащие стены в углах интерьера. Вход в подклет четверика с южной стороны под придельной церковью, где размещается сход в два марша с площадкой между ними. Перекрыт сход полуциркульными понижающимися в сторону подклета четверика арками. На нижней площадке схода рядом со входом в подклет основного четверика расположен вход в сохранившийся подклет древней маленькой придельной церковки, сложенной "вперевязь" с основным четвериком. Основной объем храма расположен высоко над землей. Ныне существующая отметка земли от пола интерьера храма 2.00 м. В настоящее время интерьер безстолпный. Перекрытие - деревянный накат из бревен 22-24 см , оформлено в виде зеркального свода, падуги которого устроены посредством кружал с обшивкой. Свод был оштукатурен, на накат поставлена рубленая конструкция, переходящая выше в глухой обшитый железом барабан с главою. В результате исследований были обнаружены основания столбов в интерьере храма и пяты соединений их со стенами, а так же были обнаружены сохранившиеся люнеты с тремя рядами голосников, образованные сводами планового креста. Декор фасадов четверика обычный для псковских памятников этого периода. Стены храма обработаны лопатками, образующими прясла стен, завершенных под кровлей полукружиями 2-х-З-частного деления. Выступающие из плоскости фасадов лопатки в плане отвечают стенам и столбам четверика, т.е. внутренней планировке храма. Пояски характерного псковского орнамента сохранились на 3-х апсидах четверика. Алтарная апсида под орнаментом имеет валиковые разводы. Характерной особенностью храма является крест из валика, очерченный вокруг центрального, повышенного щелевидного оконного проема алтарной апсиды. Ныне существующий притвор церкви имеет трехчастное деление в плане. Средняя часть его, бывшая паперть ХVII в. перекрыта коробовым сводом по оси восток-запад. Южная его часть перекрыта так же. Северная разрушена. Существующий придел перекрыт полуцилиндрическим сводом с распалубками над оконными и дверными проемами. Пяты свода стянуты 2-мя металлическими связями. Алтарь придела также перекрыт сводом с распалубками над оконными проемами и нишами. Крыльцо на столбах дошло до нашего времени значительно видоизмененным. Арки заложены, за исключением западной, соединенной со вновь пристроенным притвором конца XIX в. Крыльцо перекрыто сводами-арками, взаимно повышающимися к четверику. Каменные ступени по ползучему своду сохранились лишь под северной стеной, встроенной над средней частью крыльца колокольни. Остальная часть свода разобрана. Кровли над четвериком, притвором, приделом, колокольней - металлические, вновь устроенные. Колокольня круглая шестипролетная, перекрытая сомкнутым сводом с металлическими связями. Завершение колокольни, относящееся к XIX в., не сохранилось в натуре. В обмерах 1970г. это-8-гранная призма, завершенная шпилем с крестом.

Церковь Иоанна Богослова является интереснейшим памятником Пскова XVI в. Ее живописное положение на горе, у подножия которой протекает речка, композиционно-пространственные объемы, неповторимые фрагменты - все это ставит ее в один ряд со значительными по художественной ценности памятниками Пскова XVI в.