Исторических данных постройки церкви не сохранилось. По формам ее можно отнести к концу ХVII столетия. В 1699 г. к ней пристроен придел во имя Сергия Радонежского, возможно и притвор. В X томе историко--статистических сведений о СПб. епархии за 1885 сообщено о надписи на деревянном кресте, хранившемся тогда в церкви: - "0святися алтарь господа нашего Иисуса Христа во храме иже во святых отца нашего Николая Чудотворца Мирликийского при Андриане архиепископа московского Всея России н всех северных стран патриарха, при Иове митрополита Новограда и Великих Лук, в лето от сотворения мира 7207, а от Р.Христова в 1699 г. индикта 7-го месяца сентября в 25 день на память Ефросинии и преподобного Сергия". По свидетельству Синодика придел устроен Сергеем Ивановичем Милославским, стольником, вице-адмиралом. Есть предание, что прежде на полосе земли называемой здесь Покровской, существовал храм во имя Покрова, от которого сохранился образ Покрова, находившийся в нынешнем храме. В конце прошлого века церковь была заново отремонтирована: под четверик и придел подведены гранитные фундаменты, стены обшиты тесом, главы прежде крытые лемехом, обшиты железом. Кровля стала также железной.
Церковь Николы представляет собой в настоящий момент сложную композицию из разновременных и разновеликих объемов. Основной объем - клетская церковь в 2 света с пятигранным алтарем (вероятно не одновременным церкви). По одной оси с клетью пристроена двухэтажная трапезная, верхний этаж которой - хоры, нижний отделен от основного объема столбами, далее к западу притвор с двумя карманами. В одном из них лестница, ведущая на колокольню. Колокольня над притвором - четырехъярусная - восьмерик на четверике, сохранились следы первоначальной объемной композиции. Перед колокольней тамбур, вероятно, совсем поздний. С северной стороны - придел Сергия Радонежского с четырехгранным алтарем. По высоте он меньше основного объема. Общая длина храма 28 м, ширина 13 м. Материал стен - деревянный сруб обшитый тесом. Формы проемов относятся к концу XIX века. Перекрытия плоские, полы деревянные. Барабаны глухие, один над основным храмом - 8-гранный, другой над приделом - шестигранный. Главы обшиты железом. Стены в интерьере окрашены масляной краской. Кровля в 1971 г. крыта щепой, тогда же отремонтирована и перекрашена обшивка.
Церковь Николы в Заянье - одна из немногих сохранившихся деревянных клетских церквей XVII века на Псковщине. Ее изучение может дать богатый материал по истории деревянного культового зодчества.
реставрационные работы не проводились
устроил придел во имя Сергия Радонежского в 1699 г.